W latach 90-tych JTT na zamówienie Ministerstwa Edukacji Narodowej produkowała komputery dla szkół. Obowiązujące wtedy przepisy zwalniały dostarczany do placówek sprzęt z podatku VAT w przypadku, gdy pochodził on z importu. Wrocławska firma wysyłała zatem swoje produkty do Czech, odkupowała je z marżą i sprowadzała ponownie do Polski.

W grudniu 1999 roku inspektor kontroli skarbowej stwierdził, że właściwego importu w rzeczywistości nie było, a JTT musi zapłacić 10,5 mln zł zaległego podatku VAT i kar z tytuły przeprowadzonych transakcji. W związku z tym, konto spółki zostało zablokowane, zgromadzone przez firmę fundusze zarekwirowano, a właścicieli prokuratura oskarżyła o oszustwo.

Cztery lata później Naczelny Sąd Administracyjny uchylił błędną decyzję, nakazał oddać spółce pieniądze wraz z naliczonymi odsetkami oraz oczyścił władze z zarzutów. Mimo tego, że firma dostała zasądzone ponad 20 mln zł, w tym samym czasie musiała ogłosić swoją upadłość.

Natomiast na przełomie 1999 i 2000 roku fundusz MCI za 10,2 mln zł kupił ponad 40 procent akcji JTT. W związku z działaniem fiskusa, ich wartość drastycznie spadła i sprzedał je spółce Technopolis za 45 tysięcy złotych, tracąc przy tym około 10 mln zł.

W 2006 roku MCI Management złożył pozew, w którym domagał się od Skarbu Państwa ponad 38 mln zł odszkodowania (10 mln zł za straty na wartości akcji plus 28,5 mln zł z tytułu utraconych zysków).

Podczas rozpoczętego w marcu 2007 roku procesu Prokuratoria Generalna zajęła stanowisko mówiące o tym, że do upadku JTT doszło z powodu złej kondycji branży komputerowej oraz błędnie podjętych decyzji inwestycyjnych, a nie z winy fiskusa.

Sprawa toczyła się przez trzy lata, po czym biegli orzekli, że upadek firmy związany był wyłącznie z błędem urzędników skarbowych.

Z obliczeń biegłych wynika, że Skarb Państwa winny jest zapłacić MCI 38,512 mln zł plus odsetki naliczone od czerwca 2006 roku.

Mecenas Piotr Kaczorkiewicz z Prokuratorii Generalnej zapowiedział odwołanie.